MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Xanthomonas axonopodis pv. citri str. 306 plasmid pXAC64

Total Repeats: 152

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003922	TGT	2	6	57	62	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_003922	CTT	2	6	84	89	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_003922	TTG	2	6	129	134	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_003922	CCA	2	6	753	758	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_003922	C	6	6	1489	1494	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
6	NC_003922	G	6	6	1499	1504	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
7	NC_003922	GGC	2	6	1561	1566	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_003922	ACT	2	6	1586	1591	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_003922	TA	3	6	1600	1605	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_003922	TG	3	6	1670	1675	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_003922	GAA	2	6	1676	1681	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_003922	CGCC	2	8	1688	1695	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
13	NC_003922	CGC	2	6	1735	1740	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_003922	AAG	2	6	3409	3414	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_003922	C	6	6	3529	3534	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
16	NC_003922	TGT	2	6	3584	3589	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_003922	TGC	2	6	3608	3613	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_003922	GC	3	6	3618	3623	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
19	NC_003922	A	7	7	3719	3725	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_003922	ATT	2	6	3773	3778	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_003922	GTT	2	6	3805	3810	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_003922	GGT	3	9	5151	5159	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_003922	TCC	2	6	5176	5181	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_003922	ATT	2	6	5197	5202	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_003922	A	7	7	5251	5257	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_003922	CTC	2	6	9548	9553	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_003922	GAG	2	6	9681	9686	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_003922	GCA	2	6	12187	12192	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_003922	CAG	2	6	12211	12216	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_003922	CGT	2	6	12219	12224	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_003922	GGC	2	6	12467	12472	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_003922	CGCC	2	8	12493	12500	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
33	NC_003922	GGC	2	6	12511	12516	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_003922	GCA	2	6	12542	12547	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_003922	GAGC	2	8	12558	12565	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
36	NC_003922	GC	3	6	12641	12646	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
37	NC_003922	GCGT	2	8	12774	12781	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
38	NC_003922	CGA	2	6	12782	12787	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_003922	G	8	8	12852	12859	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
40	NC_003922	C	6	6	12908	12913	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
41	NC_003922	CCT	2	6	14032	14037	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
42	NC_003922	G	6	6	14085	14090	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
43	NC_003922	CCT	2	6	14121	14126	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_003922	CGG	2	6	14230	14235	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_003922	TGGAGG	2	12	14259	14270	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_003922	A	6	6	14333	14338	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_003922	TCC	2	6	14397	14402	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_003922	GTC	2	6	14444	14449	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_003922	GTAA	2	8	17889	17896	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_003922	T	6	6	17932	17937	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_003922	GCC	2	6	18042	18047	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_003922	TGC	2	6	18061	18066	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_003922	GCT	2	6	18132	18137	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_003922	GC	3	6	18142	18147	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
55	NC_003922	TCA	2	6	19441	19446	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_003922	GC	3	6	19475	19480	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
57	NC_003922	CCCTG	2	10	19577	19586	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
58	NC_003922	CTG	2	6	19646	19651	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_003922	CT	3	6	19661	19666	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_003922	CAA	2	6	20022	20027	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_003922	GTC	2	6	20067	20072	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_003922	TA	5	10	20107	20116	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_003922	TA	5	10	20127	20136	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_003922	CAG	2	6	21576	21581	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_003922	CTG	2	6	21588	21593	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_003922	TGG	2	6	21707	21712	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_003922	GTCG	2	8	21722	21729	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_003922	TGG	2	6	21751	21756	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_003922	CGA	2	6	21833	21838	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_003922	GC	3	6	21907	21912	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
71	NC_003922	TGC	2	6	21963	21968	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_003922	GGC	2	6	22683	22688	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_003922	CTGC	2	8	22751	22758	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
74	NC_003922	GCA	2	6	22790	22795	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_003922	CAG	2	6	24020	24025	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_003922	ATG	2	6	24046	24051	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_003922	TG	3	6	24050	24055	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_003922	CCG	2	6	24982	24987	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_003922	T	6	6	25431	25436	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_003922	CAC	2	6	25506	25511	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_003922	TCG	2	6	25991	25996	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_003922	GTC	2	6	26011	26016	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_003922	TGCC	2	8	26036	26043	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
84	NC_003922	CCGCA	2	10	26048	26057	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
85	NC_003922	CCG	3	9	26063	26071	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_003922	AGC	2	6	26078	26083	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_003922	A	6	6	26099	26104	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_003922	C	6	6	26153	26158	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
89	NC_003922	CG	4	8	26361	26368	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
90	NC_003922	CAA	2	6	31986	31991	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_003922	GGT	2	6	32005	32010	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_003922	TTC	2	6	32461	32466	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_003922	GA	3	6	32491	32496	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_003922	GTC	2	6	32526	32531	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_003922	AGT	2	6	32972	32977	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_003922	CCG	2	6	32986	32991	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_003922	CG	3	6	33064	33069	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
98	NC_003922	CGA	2	6	44154	44159	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_003922	C	6	6	44168	44173	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
100	NC_003922	CCT	2	6	45291	45296	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
101	NC_003922	G	6	6	45344	45349	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
102	NC_003922	CGCTA	2	10	45364	45373	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
103	NC_003922	TAG	2	6	45402	45407	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_003922	TGC	2	6	45526	45531	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_003922	CGCA	2	8	45614	45621	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
106	NC_003922	GCC	2	6	46006	46011	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
107	NC_003922	CCA	2	6	47843	47848	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
108	NC_003922	GTT	2	6	47849	47854	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_003922	TGAG	2	8	47855	47862	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_003922	AGT	2	6	47914	47919	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_003922	TGT	2	6	47928	47933	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_003922	AT	4	8	48398	48405	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_003922	G	7	7	48440	48446	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
114	NC_003922	G	6	6	48521	48526	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
115	NC_003922	AATCG	2	10	48572	48581	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_003922	G	6	6	48583	48588	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
117	NC_003922	TGG	2	6	49764	49769	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_003922	GGT	2	6	49787	49792	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_003922	TTC	2	6	49858	49863	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_003922	TCCT	2	8	49874	49881	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_003922	GCT	2	6	49906	49911	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_003922	TGA	2	6	49937	49942	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_003922	CCGG	2	8	49973	49980	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
124	NC_003922	T	6	6	49983	49988	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_003922	GGC	2	6	50116	50121	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_003922	CGC	2	6	50133	50138	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
127	NC_003922	CT	3	6	52292	52297	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_003922	TA	3	6	52340	52345	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_003922	GTCG	2	8	52380	52387	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
130	NC_003922	GACG	2	8	52443	52450	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
131	NC_003922	GGC	2	6	53144	53149	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_003922	GCG	2	6	53197	53202	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_003922	AAG	2	6	53254	53259	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_003922	CGGC	2	8	54241	54248	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
135	NC_003922	GCG	2	6	54325	54330	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_003922	GCA	2	6	54393	54398	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_003922	CG	3	6	54404	54409	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
138	NC_003922	ACG	2	6	54475	54480	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_003922	GCG	2	6	54500	54505	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_003922	TCC	2	6	55060	55065	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
141	NC_003922	GTC	2	6	55107	55112	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_003922	GTAA	2	8	58753	58760	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_003922	GTG	2	6	58949	58954	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
144	NC_003922	GGCG	2	8	59216	59223	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
145	NC_003922	GGATCA	2	12	59231	59242	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
146	NC_003922	GCA	2	6	59268	59273	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_003922	TTC	2	6	59287	59292	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_003922	CT	3	6	63108	63113	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
149	NC_003922	T	8	8	63160	63167	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_003922	CAA	2	6	63237	63242	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_003922	ATT	2	6	63281	63286	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_003922	GCCT	2	8	64480	64487	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.